水肥一體化技術，對肥料的選擇有着較高的要求。

常用于水肥一體化技術的磷肥有磷酸、磷酸二氫鉀、磷酸一铵、磷酸二铵。其中，磷酸非常适合水肥一體化技術中，通過滴注器或微型灌溉系統灌溉施肥時，建議使用磷酸 。

常用于水肥一體化技術的氮肥有尿素、硫酸铵、硝酸铵、磷酸一铵、磷酸二铵、硝酸鉀、硝酸鈣、硝酸鎂。其中，尿素是最常用的氮肥，純淨，極易溶于水，在水中完全溶解，沒有任何殘餘。尿素進入土壤後3 ~ 5天，經水解、氨化和硝化作用，轉變為硝酸鹽，供作物吸收利用。

常用于水肥一體化技術的鉀肥有氯化鉀、硫酸鉀、硝酸鉀、磷酸二氫鉀、硫代硫酸鉀。其中，氯化鉀、硫酸鉀、硝酸鉀最為常用。氯化鉀是最廉價的鉀源，建議使用白色氯化鉀，其溶解度高，溶解速度快。不建議使用紅色氯化鉀，其紅色不溶物（氧化鐵）會堵塞出水口。硫酸鉀常用在對氯敏感的作物上。但肥料中的硫酸根限制了其在硬水中使用，因為易在硬水中生成硫酸鈣沉澱。硝酸鉀是非常适合水肥一體化技術的二元肥料，但在作物生長末期，當作物對鉀需求增加時，硝酸鉀不但沒有利用價值，反而會對作物起反作用。

有機肥要用于水肥一體化技術，主要解決兩個問題：一 是有機肥必須液體化，二是要經過多級過濾。一般易漚腐、殘渣少的有機肥都适合于水肥一體化技術；含纖維素、木質素多的有機肥不宜于水肥一體化技術，如稭稈類。有些有機物本身就是液體的，如酒精廠、味精廠的廢液。但有些有機肥漚後含殘渣太多不宜做滴灌肥料（如花生麸）。漚腐液體 有機肥應用于滴灌更加方便，經過多級過濾，隻要肥液不存在導緻微灌系統堵塞的顆粒，均可直接使用。

中微量元素肥料中,絕大部分溶解性好, 雜質少。鈣肥常用的有硝酸鈣、硝酸铵鈣。鎂肥中常用的有硫酸鎂，硝酸鎂價格高很少使用，硫酸鉀鎂肥也越來越普及。

水肥一體化技術中常用的微肥是鐵、錳、銅、鋅的無機鹽或螯合物。無機鹽一般為鐵、錳、銅、鋅的硫酸鹽,其中硫酸亞鐵容易産生沉澱，此外還易與磷酸鹽反應産生沉澱堵塞滴頭。螯合物金屬離子與穩定的、具有保護作用的有機分子相結合，避免産生沉澱、發生水解，但價格較高。常用于水肥一體化技術的中微量元素肥料有硝酸鈣、硝酸铵鈣、氯化鈣、硫酸鎂、氯化鎂、硝酸鎂、硫酸鉀鎂、硼酸、硼砂、水溶性硼、硫酸銅、硫酸镒、硫酸鋅等。

水溶性肥料是近年來興起的一種新型肥料,是指經水溶解或稀釋，用于灌溉施肥、無土栽培、浸種蘸根等用途的液體肥料或固體肥料。在實際生産中，水溶性肥料主要是水溶性複混肥，不包括尿素、氯化鉀等單質水溶肥料,目前必須經過國家化肥質量監督檢驗中心進行登記。根據其組分不同,可以分為大量元素水溶肥料、微多元素水溶肥料、中量元素水溶肥料、含氨基酸水溶肥料、含腐殖酸水溶肥料。在這五類肥料中,大量水溶肥料既能滿足作物多種養分需求,又适合水肥一體化技術,是未來發展的主要類型。

除上述有标準要求的水溶肥料外,還有一些新型水溶料，如糖醇螯合水溶肥料、含海藻酸型水溶肥料、木醋液（或竹醋液）水溶肥料、稀土型水溶肥料、有益元素類水溶肥料等也可用于水肥一體化技術中。