首先大叔先是看穿了柯南的身份，知道了黑色組織的事情。決定和柯南聯手對抗黑色組織。

市内發生多起兇殺案，柯南好不容易推理出兇手是誰，卻抓捕兇手的時候卻都讓他們給跑了，後來發現兇手也被不明人士殺了。在這期間，琴酒的保時捷頻頻出現。貝爾莫德變換身份接近警視廳。

柯南于是發現這件案子并不簡單，這些兇手都是被黑色組織的人殺的。可能涉及到黑衣組織，甚至黑色組織的人已經派了卧底潛伏在警視廳。同時大叔，目暮也開始懷疑警視廳出現内鬼。

大叔經過各種推理，終于發現了内鬼是誰，但卻沒有告訴任何人，因為這個内鬼是他的好朋友。此時内鬼在警視廳的天台發送情報，毛利大叔單獨一人來到他面前說道：“警視廳的内鬼果然是你！”

鏡頭轉移到柯南和目暮那裡，柯南陷入了推理的困境。這時候槍聲響起，所以人發現槍聲從天台傳來匆匆趕往天台。鏡頭再一次切換，毛利大叔倒在内鬼面前，内鬼誇獎了大叔幾句，居然能知道他的事情的真相。

此時柯南趕到，隻看到中槍倒在地上的大叔，大叔說出了一個字後便昏迷不醒了。随後救護車将毛利送往醫院搶救，雖然暫時救回條命，但仍然在昏迷中，而且随時都有生命危險。

柯南一直百思不得其解毛利最後的提示到底是什麼意思。在看到小蘭為大叔掉眼淚後，柯南終于爆發了。根據大叔的提示加上自己的推理，終于知道了警視廳内組織的内鬼到底是誰。但突然覺得大事不妙，因為内鬼随時會潛入醫院對毛利行兇。

柯南趕緊通知目暮警官，自己一個人匆匆趕往醫院，見到了在大叔病床前的那個内鬼，此時内鬼正準備停掉醫療儀器殺害毛利。柯南對着内鬼說出了一切真相，并将内鬼是黑色組織的人也一并說出來。内鬼邊聽邊回憶起大叔的推理，兩人的推理竟然一模一樣。

内鬼笑着說你是怎麼知道的，柯南表示是大叔那個提示告訴他内鬼是誰。内鬼表示毛利和你兩人真的厲害，拿出槍正準備殺了柯南和毛利滅口。

正當柯南束手無策的時候，妃英理正好來看望大叔，打開病房看到這幅情景。此時目暮警官和一堆警察全都來了。内鬼發現事迹敗漏，竟然挾持英裡作為人質。

此時毛利突然醒來，用微弱的語氣說道，放開她，不要傷害英理，不要傷害她。妃英理無比感動。但仍被内鬼挾持。後來憑借着柯南的各種主角光環加外挂，終于救出了妃英理。

内鬼也被逮捕，從内鬼身上套出的信息，柯南開始和黑色組織決戰。

毛利大叔則是在這段時間在醫院養病。并沒有參與到主要劇情中，妃英理在照顧他的期間，兩人重修于好，終于在結局的時候一家三口團聚了。

ps：我覺得這樣應該是對毛利最好的結局了，既爆發智商上線了一次。又在結局柯南和黑色組織的對決中有理由完美醬油，将舞台留給柯南。最終的是，毛利終于有借口和妃英理重歸于好了。當然，本文純屬虛構，如有和73雷同，純屬巧合！