酶的命名有習慣命名法和系統命名法。習慣命名法大多根據酶所催化的底物、反應的性質以及酶的來源而定。系統命名法規定每一酶均有一個系統名稱，它标明酶的所有底物與反應性質，底物名稱之間以“∶”分隔。由于許多酶的系統名稱過長，為了應用方便，國際酶學委員會又從每種酶的數個習慣名稱中選定一個簡便實用的推薦名稱。
國際酶學委員會根據酶催化的反應類型，将酶分為六大類：
（1） 氧化還原酶類（oxidoreductases） 催化底物進行氧化還原反應的酶類。例如，乳酸脫氫酶、琥珀酸脫氫酶、細胞色素氧化酶、過氧化氫酶、過氧化物酶等。
（2） 轉移酶類（transferases） 催化底物之間進行某些基團的轉移或交換的酶類。例如，甲基轉移酶、氨基轉移酶、已糖激酶、磷酸化酶等。
（3） 水解酶類（hydrolases） 催化底物發生水解反應的酶類。例如，澱粉酶、蛋白酶、脂肪酶等。
（4） 裂解酶類（或裂合酶類，lyases） 催化從底物移去一個基團并留下雙鍵的反應或其逆反應的酶類。例如，碳酸酐酶、醛縮酶、檸檬酸合酶等。
（5） 異構酶類（isomerases） 催化同分異構體之間相互轉化的酶類。如葡萄糖異構酶、消旋酶等。
（6） 合成酶類(或連接酶類，ligases) 催化兩分子底物合成為一分子化合物，同時必須由ATP（GTP或UTP）提供能量的酶類。例如，谷氨酰胺合成酶、DNA聚合酶等。
國際系統分類法除按上述六類将酶依次編号外，還根據酶所催化的化學鍵的特點和參加反應的基團不同，将每一大類又進一步分類 。每種酶的分類編号均由四個數字組成，數字前冠以EC（enzyme commission）。編号中第一個數字表示該酶屬于六大類中的哪一類；第二個數字表示該酶屬于哪一亞類；第三個數字表示亞-亞類；第四個數字是該酶在亞-亞類中的排序。
以乳酸脫氫酶(EC1.1.1.27)為例，其編号解釋如下：
EC代表國際酶學委員會。
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