一、莖幹區别
草麻黃的木質莖短有的呈匍匐狀，小的枝幹直伸或是微曲，表面有細縱的槽紋，關節間的長度在2.5到5.5厘米，大多為3到4厘米，直徑大約2毫米，呈綠色。
木賊的莖幹橫走或是直立的，圓筒狀，呈黑棕色，高度可達1米或者更多，直徑在5到9毫米之間，關節的長度大約5到8厘米，呈綠色。
二、葉子區别
草麻黃的葉子有兩裂，葉子鞘占全長的1/3或2/3，裂片的銳呈三角形，先端很尖銳。
木賊的葉子退化成鱗片狀，基部合成筒狀的鞘，鞘長大約6到10毫米。
三、花朵區别
草麻黃的花朵在側枝頂生，呈卵圓狀或矩圓狀卵圓形，有4對苞片。花朵成熟時呈肉質紅色，矩圓狀卵圓形或是接近圓形性，長度大約8毫米，直徑大約6毫米。
木賊不開花，會通過孢子繁殖。
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