1、名偵探柯南：計時引爆摩天樓：新一收到了來自世界知名建築家——森谷教授于其宅邸舉行的晚會的請帖。柯南、小蘭和小五郎應邀出席。此即為事件的開端。此後發生了作為特殊火藥的塑膠炸彈大量失竊的案件。那個自稱兇手的男子打來預告電話，與柯南展開博弈。犯人再次向那裡打電話。随後，兇手連續發來炸彈預告。城市陷入了恐慌。
2、名偵探柯南：瞳孔中的暗殺者：發生了警察官被接連殺害的案件。被殺的兩人，都緊握警察手冊。柯南偶然和該案件遭遇。小五郎試圖共同解決案件，而白鳥刑警卻說出了一句“Need not to know”（沒有知道的必要）。這是警察内部用語，表明案件與警察内部相關。從警視廳得到的情報中得知，小蘭的性命也會被盯上。
3、名偵探柯南：通往天國的倒計時：柯南與少年偵探團，來到西多摩市臨近完工的日本第一高的雙子塔大廈。這是最先進的高科技建築，而在建設過程中，有可疑人物暗中活動。其後，在大樓内發生了第一起殺人案。在那附近，柯南目擊到難以置信的東西。黑色的保時捷356A。并且灰原也開始與什麼人秘密聯系。
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