1、概念不同：
（1）巴氏殺菌，亦稱低溫消毒法、冷殺菌法，是一種利用較低的溫度既可殺死病菌又能保持物品中營養物質風味不變的消毒法，具體是使用相對較低的溫度（一般為60-82℃）在規定的時間内對食品進行加熱處理，以達到殺菌的目的，是一種既能達到消毒目的又不損害食品品質的方法。
（2）高溫殺菌，一般采用135℃以上滅菌數秒，屬于傳統的殺菌模式，以高壓、高溫的方式殺菌，要求包裝材料要有較高的隔斷性和一定的耐蒸煮強度，從營養成分上來說，高溫殺菌由于溫度較高，營養物質會破壞的比巴氏殺菌多，破壞的主要是維生素等微量營養物質，其他蛋白質、脂肪等無太大差異。
2、保存條件和保質期不同：巴氏殺菌乳在2-8℃下存放3-10天；高溫殺菌乳常溫下可保存3-6個月，袋裝超高溫滅菌乳也可存放1.5個月。
3、缺點不同：以對牛奶殺菌為例，巴氏殺菌沒有将物體加熱到沸點，因此會殘留部分細菌，使保存時間短，加熱後，需要迅速地冷卻至4℃左右，所以增加了冷卻的成本；高溫殺菌将物體加熱到沸點，會讓部分營養物質揮發，優點是保持時間長，在室溫下放半年也不會變質，成本比巴氏殺菌法低，适合需要長期保存的東西。
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