經營方式不同、兩者扣點不同、利潤來源不同。
經營方式不同。京東自營店是京東商城自己獨自運營的店鋪，自己進貨，自己經營。京東直營店則是京東商城将一部分店鋪以出租的形式給第三方經營，叫非自營店。而京東隻是負責提供一個雙方買賣的平台，其他的品牌商進來的店鋪，叫京東自營店。
兩者扣點不同。第三方店鋪京東的扣點不多，也就是說商家的利潤多些，随之而來的就是流量也不多。銷量不容易上去。
利潤來源不同。商家把産品提供給京東自營，供貨價不高，等于把零售利潤出讓了一部分給京東。換來的是流量大，可以上他們的各種活動，銷量當然也很大。 也就是說商家通過供貨給京東自營，損失了一部分利潤，換來了産品的高曝光率和銷量。
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