女性生殖器官的發育是一個非常複雜的過程。胚胎早期，生殖系統與泌尿系統均起源于中胚層，胚胎第3周時，在第14-28對體節外側的中間中胚層形成一條縱索，稱為生腎索。第5周時，由于生腎索上皮增生，在胃、腸背側系膜兩側凸向腹腔，形成一對縱行隆起，稱尿生殖嵴。此時并無性别差異。不久，此嵴突入腹腔，嵴上深陷一條縱溝，将此嵴分為内外兩部，外側部為中腎嵴，内側部為生殖嵴，是男性或女性生殖腺發育的原基。
第6周時，生殖嵴表面的生發上皮，呈不規則指狀逐漸向深部陷入間充質，形成初級性索。初級性索内含有原始生殖細胞，這些細胞來自卵黃囊尾側壁的内胚層，自胚胎第4周開始以變形運動沿後腸及背側系膜遷移，于胚胎第6周達性腺原始生殖嵴的間充質内整合入原始性腺中。第6周以後的原始性腺會出現皮質和髓質，皮質含有許多原始生殖細胞，髓質由初級性索及一些原始生殖細胞組成。
性腺的發育取決于胎兒的基因型和性染色體，而最終性别表型取決于性染色體和占優勢的生化和激素環境。從第8周起卵巢開始分化發育。在XX染色體的作用下，原始生殖腺逐漸演變為細長的卵巢。
到第8-12周時，胚胎逐漸分化出卵巢結構。初級性索及原始髓質退化，由含有疏松血管網的基質替補，形成永久髓質。同時，原始皮質細胞不斷增生、變厚，并向深層延伸，逐漸形成永久皮質。
第6周時，尿生殖嵴頭端外側的腹膜上皮凹陷，形成兩條縱管，稱副中腎管，為女性輸卵管、子宮、宮頸和陰道上段的原基。第8周時，兩側副中腎管遷移至中腎管内側并在中線回合，中段官腔融合再吸收形成子宮。在融合的初級階段，子宮腔内存在一縱隔，一般在胎兒20周吸收消失，若持續存在則形成子宮縱隔畸形。未融合的兩側副中腎管頭段仍保持管狀結構，經後續發育成為輸卵管，融合部分尾段成為陰道上段。
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