平行志願的投檔原則是志願并列、位次優先、遵循志願、一輪投檔。
舉例說明：
甲考660分，乙考650分。甲填報的志願順序為：清華大學，北京大學，廣東醫科大學；乙填報的志願順序為：北京大學、清華大學、廣東醫科大學。志願投檔和學校錄取的過程如下：
第一步，按照成績從高到低，系統首先檢索甲的ABC三個志願。甲的第一志願為清華大學，但如果清華大學已經錄滿，系統則進入檢索第二志願北京大學，假設北京大學還有最後一個名額，甲則按B志願被北京大學錄取。
系統投檔完甲後，按照順序檢索到乙的志願。乙的第一志願是北京大學，但由于北京大學最後一個名額錄取了甲，而清華大學也已招滿，系統則進入檢索第三個志願，條件符合，乙被四川大學錄取。
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