德川家康及其直系繼承者制定了一系列旨在使其家族統治永存的政策。德川政權的物質基礎在于幕府直轄領地。它占全部可耕地的四分之一至三分之一，由分布在全國諸形勝要地的大莊園組成；這些大莊園構成了防範有可能心懷敵意的大名的控制點。幕府最高級職務均由德川家族成員或其家臣擔任。天皇從幕府得到的财政收入能維持其本人及一小群宮廷貴族的日常用度，但天皇沒有政治職責或政治權力。幕府大本營先建在江戶，後設于東京。大名須定期到大本營所在地居住；返回自己領地時，要留下妻、子，作為人質。德川幕府還限制大名修築城堡，對每個大名所能保留的家臣的數目，也加以限制。

使嚴格、世襲的等級結構永存，是德川幕府為防止任何可能破壞其統治的變化而作出的部分努力。居這一等級結構之首的，是占人口百分之六的貴族。它包括宮廷貴族和封建貴族。前者擁有優越的社會地位，但無權力或财産，故靠幕府将軍供養；後者則重要得多，它以幕府将軍為首，包括大名及武士家臣。

絕大多數日本人是農民，為第二等級；它包括無地的佃農以及擁有11/4至85英畝不等土地的地主。不管其地位如何，這些農民生産了稻米，歸根到底，供養了貴族。實際上，地主也是用稻米來衡量其收入的。

德川幕府确認的最後兩個等級，依次為手工業者和商人。德川幕府時，長期的和平與安定使城市居民的人口、财富大大增加。貨币日益成為支付媒介，稻米中間人和貨币兌換商成為最重要的商人。他們處理封建貴族的剩餘産品，提供高利信用貸款，這種貸款通常以借貸人次年的收入作抵押。許多大名，有時連幕府将軍本人，都成為這些商業資本家的債戶。一個原因是，要在江戶維持落實人質制度所需要的大第宅，得付出大筆開支。由于稻米價格跟不上其他商品價格的上漲，農村階級亦受到損害。因此，國家财富愈來愈流入商人的銀櫃。商人在江戶和大阪這樣的大城市裡，過着奢靡的生活，并産生了自己的文化形成，如歌舞伎、木版畫和描繪奢華生活的小說。

德川幕府通過提倡儒家朱熹學派。為其政權奠立思想基礎，因為儒家強調孝順長者、忠于上級的美德，認為任何社會集團裡都該如此。在理想的日本家庭中，父權是絕對的、無可争辯的；這一點甚至比在中國得到更為明确的表達。對德川幕府來說，尤具吸引力的是，儒家還強調了政治上的合法正統地位的倫理基礎和一切守舊的品德。德川家康本人在他頒發的《武家諸法度》中，為武士規定了着重于個人盡忠、尚節制、守儉樸和接受等級區别的行為準則。這種意識形态帶來的一個結果是，日本的家庭制度，尤其是武士制度，由于服從于幕府将軍或大名的利益而與社會緊密地合為一體。家庭和國家之間的協調遠遠超過中國，因而，為民族團結和民族活動提供了根本基礎，便利了日本19世紀的明治維新。