卵巢囊腫一旦出現要區分是良性囊腫還是惡性囊腫。當良性囊腫直徑小于5cm時，可以定期随訪超聲，也可以配合口服西藥或中藥。當囊腫直徑大于5cm時，需手術幹預。可以開腹手術，也可以腹腔鏡手術；可以切除囊腫，也可以囊腫剝除。要根據患者的年齡和生育要求而定。一旦囊腫出現扭轉或破裂時，出現下腹痛，休息後仍不緩解時，即刻到附件醫院就診，盡早手術治療。
在短時間内卵巢囊腫迅速增大時，要考慮是囊腫惡變可能，稱為惡性卵巢腫瘤。作盆腹腔磁共振或CT檢查可以發現有腫瘤原發竈和轉移病竈。有條件者做全身PET對疾病的評估和全身狀态做出評判。做婦科檢查時，通常是雙側居多（也有單側），腫瘤活動度差，比較固定。有腹水或胸水時穿刺做細胞學檢查可以查出癌細胞 。腫瘤标志物會明顯升高，如CA125，AFP、HCG和HE4等。卵巢惡性腫瘤一經發現應由有經驗的腫瘤醫生做手術，切除腫瘤，明确病理和分期，并決定是否接受輔助治療，如化療。
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