福州大學碩士研究生專業有數學與計算機科學專業、物理與信息專業、化學化工專業、土木工程專業、機械工程及自動化專業、材料科學與工程專業、生物科學與工程專業、電氣工程與自動化專業、環境與資源專業、管理專業、法學專業、人文社會科學專業、公共管理專業專業、外國語專業、軟件專業、廈門工藝美術專業、圖書館情報專業。
福州大學于2005年開始以籌建形式成立研究生院，目前在校各類研究生已達到8400多人，是福建省唯一的全國專業學位研究生教育綜合改革試點高校和全國工程碩士研究生教育創新院校，2012年12月福州大學研究生院的正式成立，為推動福州大學創業型東南強校建設，在更高起點上推進學位與研究生教育搭建更廣闊的平台。
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