1、來源不同。B5柴油是使用餐飲行業及下水管道廢棄的地溝油”，通過一系列生化反應後，與普通柴油按照5比95的比例調和而成。0号柴油屬于普通柴油，主要由原油蒸餾、催化裂化、熱裂化、加氫裂化、石油焦化等過程生産的柴油餾分調配而成（還需經精制和加入添加劑）；由原油、頁岩油等經直餾或裂化等過程制得。
2、對環境的影響不同。B5生物柴油可降低重金屬及細顆粒物等污染氣體排放量10%以上，氮氧化物淨化效率達80%。0号柴油含較多的雜質，它燃燒時也更容易産生煙塵，造成空氣污染。柴油燃燒後産生的煙灰可能有緻癌的作用。
3、規模大小不同。B5生物柴油目前隻在部分城市小範圍使用，将會不斷擴大生産和使用規模。0号柴油屬于普通柴油，柴油汽車主要選用後5個牌号的柴油，溫度在4℃以上時選用0号柴油，因此0号柴油目前使用廣泛。
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