1、由“黑色”裁決“黑色”
（1）德國，加拿大，以及（英國）倫敦。黑衣組織所制造的暗殺案件在世界各地接連發生。
（2）不久，琴酒就将魔爪伸向日本。這場暗殺大戲不過才剛剛開始。
2、宿命的相遇
（1）東都水族館進行了大規模翻新。為了觀賞那裡的特色——世界第一個二輪式巨大摩天輪而來到此處的柯南一行人與那裡一位受傷的神秘女性相遇。她似乎由于某種原因喪失了記憶。
（2）線索隻有已損壞的手機。柯南與少年偵探團一起，決定幫助她找回記憶。這時，灰原覺察到了異樣。這個女性，是左右眼顔色不同的“雙色瞳”的擁有者。
3、暴露的雙重面孔！
（1）因為眼睛的特征是一緻的，灰原擔心其真實身份就是組織的NO.2（2号人物）—朗姆。另一方面，正當柯南尋找接近宿敵的機會時，突然間這個女性在看到摩天輪時發作了起來。
（2）這時候她喃喃自語的是“司陶特、威士蓮、阿誇維特、基爾、波本……”果然她的真實身份是黑衣組織的一員！而在她被送入警察醫院後，FBI與公安推測時機已成熟，便悄悄展開了行動。
4、互相争奪“秘密”！
（1）根據FBI赤井秀一的調查，日本警察某份資料被竊取之事得到證實。那就是間諜的名單“NOC List”（非官方卧底名單）。
（2）這份資料一旦流入組織手中，世界的情報機關将會崩潰，且潛入組織的公安，安室透與CIA（美國中央情報局），水無憐奈的性命也将陷入危險中。在柯南與赤井追查案件的同時，琴酒将水無和安室拘禁。
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