一，常平站（Changping Railway Station）位于中國廣東省東莞市，是中國鐵路廣州局集團有限公司管轄的客貨二等站，是常平鐵路樞紐的重要組成部分，也是廣九鐵路、廣深鐵路和廣梅汕鐵路的樞紐站之一。清宣統三年（1911年），常平站建成使用；于1997年12月31日更名為東莞站；[1]于2013年6月20日複名常平站。

二，東莞站（Dongguan Railway Station）位于中國廣東省東莞市，是中國鐵路廣州局集團有限公司管轄的客運二等站，是廣九鐵路和廣深鐵路的中間站之一。清宣統三年（1911年），廣九鐵路的常平站建成通車；1997年12月31日，常平站改名為東莞站；2013年，原東莞站更名為常平站；2014年1月8日，遷址新建的東莞站正式投入使用。

三，東莞東站（Dongguandong Railway Station）位于中國廣東省東莞市常平鎮，是中國鐵路廣州局集團有限公司管轄的客貨二等站，東莞東站始建于1990年；于1991建成運營，初稱常平東站；1997年更名為東莞東站；2012年至2014年進行擴建改造；2015年1月8日，新站房投入使用

四，虎門站（Humen Railway Station）位于中國廣東省東莞市，是中國鐵路廣州局集團有限公司管轄的車站，虎門站始建于2009年；2010年，虎門站主體工程完工；2011年12月26日，虎門站投入運營

五，樟木頭站位于中國廣東省東莞市樟木頭鎮，為廣深鐵路及京九鐵路的客貨運三等站。由廣州鐵路集團廣深鐵路股份有限公司管轄，來往廣州和深圳的廣深城際列車“和諧号”動車組的大部分班次均會停靠樟木頭站，現時日均辦理旅客列車約70列，但樟木頭站沒有任何始發車次。2008年10月18日，開始對站前廣場進行大改造，2009年1月1日，新廣場正式投入使用

六，石龍站（Shilong Railway Station）位于中國廣東省東莞市，隸屬于中國鐵路廣州局集團有限公司，為貨運三等站。2014年1月8日停辦客運業務，保留貨運功能。

七，長安站（Chang'an Railway Station），規劃時稱長安金沙站，位于中國廣東省東莞市長安鎮，是中國鐵路廣州局集團有限公司（廣州鐵路局）管轄的鐵路車站，途經該車站的是穗深城際鐵路。2019年12月15日，長安站正式開通運營。

八，長安西站（Chang'anxi Railway Station），規劃時稱長安廈邊站[1]，位于中國廣東省東莞市長安鎮，是中國鐵路廣州局集團有限公司（廣州鐵路局）管轄的鐵路車站，途經該車站的是穗深城際鐵路。2019年12月15日，長安西站正式開通運營。

九，常平東站（Changpingdong Railway Station）位于中國廣東省東莞市常平鎮東部，是中國鐵路廣州局集團有限公司管轄的城際客運站，新常平東站于2009年開工建設，2016年3月30日投入運營

十，常平南站（Changpingnan Railway Station）位于中國廣東省東莞市，是中國鐵路廣州局集團有限公司管轄的三等站，是廣惠城際鐵路的中間站之一；2017年12月28日，常平南站投入運營

十一，大朗鎮站位于中國廣東省東莞市大朗鎮東北部，是隸屬中國鐵路廣州局集團有限公司管轄的客運站，為廣惠城際鐵路的中間站之一2017年12月28日，大朗鎮站投入使用

十二，道滘站位于中國廣東省東莞市，隸屬中國鐵路廣州局集團有限公司管轄的客運四等站，于2017年12月28日投入使用

十三，東城南站位于中國廣東省東莞市，隸屬于中國鐵路廣州局集團有限公司，為廣惠城際鐵路的中間站，于2017年12月28日投入使用。

十四，東莞港站（Dongguangang Railway Station），規劃時稱沙田站，位于中國廣東省東莞市沙田鎮，是中國鐵路廣州局集團有限公司管轄的鐵路車站，途經該車站的是穗深城際鐵路。2019年12月15日，東莞港站正式開通運營。

十五，東莞西站（Dongguanxi Railway Station）位于中國廣東省東莞市，隸屬于中國鐵路廣州局集團有限公司，為廣惠城際鐵路和穗深城際鐵路的客運樞紐站，2019年12月15日，穗深城際鐵路開通運營，東莞西站開通客運服務

十六，橫瀝站，位于廣東省東莞市，是廣州鐵路（集團）公司廣深鐵路股份有限公司管轄的四等站，建于1911年。2001年，當廣深線上最後一列慢車停運，這四站長達九十年的客運史也随即宣告終結。截止2019年，這四站仍作為四等站，僅有限度地維持行李、包裹托運等服務

十七，洪梅站位于中國廣東省東莞市，是中國鐵路廣州局集團有限公司管轄的客運站，是穗深城際鐵路的中間站于2019年12月15日建成使用。

十八，厚街站（Houjie Railway Station），位于中國廣東省東莞市厚街鎮，是中國鐵路廣州局集團有限公司（廣州鐵路局）管轄的鐵路車站，途經該車站的是穗深城際鐵路。

2019年12月15日，厚街站正式開通運營。

十九，虎門北站（Humenbei Railway Station；規劃建設時稱白沙站，位于中國廣東省東莞市虎門鎮，是中國鐵路廣州局集團有限公司（廣州鐵路局）管轄的鐵路車站，途經該車站的是穗深城際鐵路。

2019年12月15日，虎門北站正式開通運營。

二十，虎門東站（Humendong Railway Station），位于中國廣東省東莞市虎門鎮，是中國鐵路廣州局集團有限公司（廣州鐵路局）管轄的鐵路車站，途經該車站的是穗深城際鐵路。

2019年12月15日，虎門東站正式開通運營。

二十一，寮步站（Liaobu Railway Station）位于中國廣東省東莞市，是隸屬中國鐵路廣州局集團有限公司管轄的客運站，為廣惠城際鐵路的中間站之一于2017年12月28日建成使用。

二十二，松山湖北站（Songshanhubei Railway Station）位于中國廣東省東莞市松山湖高新技術産業開發區東北部，是隸屬中國鐵路廣州局集團有限公司管轄的客運站，為廣惠城際鐵路的中間站之一，松山湖北站始建于2009年，時稱松山湖站；2015年，在建的松山湖站改名為松山湖北站；2017年12月28日，松山湖北站投入使用。

二十三，塘頭廈火車站位于中國廣東省東莞市塘廈鎮東深公路塘廈大道南西側，是廣深鐵路及京九鐵路的四等站，由廣州鐵路集團廣深鐵路股份有限公司管轄。于2006年暫停使用

二十四，望牛墩站（Wangniudun Railway Station），位于中國廣東省東莞市望牛墩鎮，是中國鐵路廣州局集團有限公司（廣州鐵路局）管轄的車站，途經該車站的是穗深城際鐵路。

2019年12月15日，望牛墩站正式開通運營。

二十五，西平西站（Xipingxi Railway Station）位于中國廣東省東莞市，是中國鐵路廣州局集團有限公司管轄的客運三等站，是廣惠城際鐵路的中間站之一，西平西站始建于2010年，時稱新城中心站；2015年，新城中心站改名西平西站；2017年12月28日，西平西站投入運營。

二十六，銀瓶站位于中國廣東省東莞市謝崗鎮東部片區，隸屬于中國鐵路廣州局集團有限公司，為廣惠城際鐵路的客運站，也是東莞市境内的城郊站點之一，銀瓶站于2009年動工建設，時稱謝崗站；于2015年改名銀瓶站；于2016年3月30日竣工運營。

二十七，樟木頭東站（Zhangmutoudong Railway Station）位于中國廣東省東莞市，是中國鐵路廣州局集團有限公司管轄的客運四等站，是廣惠城際鐵路的中間站之一。2011年7月10日，樟木頭東站開工建設；2016年3月30日，樟木頭東站投入運營。

二十八，中堂站（Zhongtang Railway Station），位于中國廣東省東莞市中堂鎮，是中國鐵路廣州局集團有限公司（廣州鐵路局）管轄的車站，是該線路自廣州進入東莞的第一站，為新建的高架車站，2019年12月15日，中堂站正式開通運營