蔡元培的教育思想是中國傳統文化的精華與西方現代文明相結合的産物,對中國教育界、思想界産生了深遠的影響。中國傳統文化對于理想人格的追求和西方現代文明對于自由、民主、平等、人權的追求，在蔡元培那裡得到了完美的統一。或者說，蔡元培給中國傳統文化對于理想人格的追求注入了新的、富于時代特征的内涵，這對于古老的中華文明向現代形态的轉化，有着積極的意義和貢獻。蔡元培的教育思想可以概括為三個方面：

一、提倡完全人格教育

教育的根本問題是要培養什麼樣的人的問題，因為它決定我們用什麼去培養和怎麼去培養。在這一問題上，蔡元培鮮明地提出了自己的主張，造就具有完全人格的個人。

“人格”是一個内涵非常歧義的概念。不同的學術領域對人格的定義、人格的描述、人格的區分、人格的内涵以及人格的評判标準也就不同。完全人格教育是蔡元培教育思想的重要組成部分，“完全人格”是他要培養的自由、民主、平等社會新人的目标。蔡元培為實現對國民進行完全人格教育，提出了“五育”并重、和諧發展的教育方針，一方面是适應民主共和政體對教育目标提出的客觀要求，同時也是由于他留學西歐，受到資産階級教育思想的影響，接受現代文明的結果。

二、力倡“尚自然、展個性”

教育是人們尋求解放、從狹隘走向廣闊的過程。個性、獨特性和多樣性，既是教育的重要資源，也是教育追求的目标。蔡元培力倡“尚自然、展個性”的教育理念，這與他倡導培養具有完全人格的民主社會建設者的目标是一緻的。則具有完全人格的個體需要靠力倡“尚自然、展個性”的教育來造就。

社會發展的最終目的是為了個人全面而自由的發展，并且是通過人的自由自覺的活動來實現的。個人的發展、個人的幸福和個人的自由都有着“獨立向善”的價值，它不需要别的任何價值來證明。也就是說，并不因為個人自由是社會自由的條件，也不是因為個人發展是社會發展的一個條件，個人自由、個人發展才有了價值，個人自由、個人發展其本身就是目的，有着自足的價值。更何況現實的個人是社會發展的重要動力，離開現實的個人的發展，社會的發展就是不可理解和毫無意義的了。

“尚自然、展個性”是蔡元培針對封建教育無視學生的特點，違反自然，壓抑、禁铟、束縛個性而提出的教育主張。

蔡元培認為教育要順應受教育者身心發展的實際，指出“守成法”與“尚自然”、“求劃一”與“展個性”是新舊教育的分水嶺。為此，提倡教育科學的實驗研究要擯棄注入式教學方法，強調用啟發式進行教學，特别是學生自動、自學、自己研究的方法。

所有個人的獨特主體性的正常健康發展或自由發展，會給人類集體的發展與人類整體的發展，提供最豐富生動的動力和源泉，在每個人的這種發展的交互作用中，每個人的人生将會獲得應有的意義和價值。當自由的權力成為每個個體的實際權力（特别是思想的自由），自由才不會是空洞的概念。一個社會隻有以個人為本位、為目的，為每個個體的自由全面的發展盡可能地提供最佳條件，這個社會才能在整體上大踏步地前進。

三、主張教育獨立，推行“思想自由、兼容并包”的辦學原則

蔡元培的一個非常重要的主張是教育獨立。所謂教育獨立是指教育超然于政黨、超然于教會，主張教育脫離政黨、脫離教會而獨立，要求把教育事業完全交給教育家辦理。這一思想是當時在教育界盛行的教育獨立思潮中最具積極意義的主張。這一主張對于弘揚教育的内在價值無疑具有深遠的曆史意義。

大學教育思想在蔡元培整個教育思想體系中占有非常突出的地位。其主要思想為：（1）大學的性質是研究高深學問的學府。（2）大學辦學原則是思想自由、兼容并包。（3）大學學科的設置應溝通文理、廢科設系。（4）實行教授治校。

而大學辦學原則“思想自由、兼容并包”無疑是最具魅力和生命力的。蔡元培主張思想學術自由，這對反對封建專制主義，造就個性豐富、具有完全人格的民主社會的建設者有着十分重要的價值。他在執掌北大時，提出了思想自由、兼容并包的辦學原則，認為大學是研究高深學問的地方，允許各種學術派别自由發展，允許有不同學術觀點的人在大學任教，是思想自由的普遍原則，也是大學的特色所在。