複旦大學生物醫學研究院始建于2004年3月，是國家985二期工程建設的科技創新平台。
研究院的宗旨是：“健康上海人，歡樂中國人”。研究院遵循“章魚模式”發展，建設人才聚集高地、領銜大項目高地和做一流研究高地。研究院以“轉化醫學”為目标，積極推動複旦大學生命科學與醫學的有機結合，建立基礎科學與臨床需求的緊密聯系。
機構設置：生物醫學研究院實行平台管理委員會領導下的首席科學家負責制，管理上遵循國際通用的PI管理模式。研究院配置了國際先進的科研設備，創建了獨特的共享體制。機制上采用靈活的方式與各院系和附屬醫院進行共建。研究院下設九個研究所中心。即：基因組學與表觀基因組學研究所、蛋白質組學與系統生物學研究所、藥物學與結構生物學研究所、發育生物學與出生缺陷研究所、幹細胞與組織工程研究所、心腦血管疾病研究中心、癌症研究中心、病理研究中心、傳染病與公共衛生研究中心。
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