辦理食品經營許可證的流程一般為：1、攜帶本人身份證、個體工商戶營業執照或法人登記證等主體資格證明的原件或者複印件，經過原件核對後，提交營業執照；2、到辦理中心填寫《食品經營許可證》申請書，相關人員對符合申請資格的申請書進行預審，在兩個工作日内提出預審意見，并做出受理決定，對于符合審批條件的，相關部門可以出具食品經營許可證，不符合規定的，則需按要求修改補正後重新受理審查；3、食品經營者在工作日内需要到縣級以上的地方食品藥品監督管理局部門申請食品檢測，管理人員依法對申請人的生産經營場所進行現場核查；對符合規定條件的，準予許可；4、檢測符合規定後，即可依法取得食品經營許可證。
法律依據：《食品流通許可證管理辦法》第二十五條食品經營者申請注銷《食品流通許可證》的，應當向原許可機關提交下列申請材料：（一）《食品流通注銷許可申請書》；（二）《食品流通許可證》正、副本；（三）與注銷《食品流通許可證》相關的證明文件。許可機關受理注銷申請後，經審核依法注銷《食品流通許可證》。
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