将夢幻的睫毛DNA提取出來，制造出念力系最強神奇寶貝超夢，超夢屬于人造神奇寶貝，所以說超夢是被克隆出來的。
随後，夢幻在新島的周圍出現，與此同時超夢正在通過本體與克隆體的對戰，測試其克隆的初學者寶可夢們的能力。
超夢在摧毀其出生的實驗室後，火箭隊首領坂木以幫助超夢控制自己的能力為由說服了超夢與自己合作。事實正相反，坂木将超夢當作了武器利用。在擺脫坂木的控制後，超夢質疑自己的存在，并決定向自己的制作者複仇。為了實現目的，超夢邀請了包括電影主角小智在内的數名寶可夢訓練家來到自己的島嶼，并計劃克隆他們的寶可夢。
在計劃成功後，局勢愈演愈烈：本體們與克隆體們進行對戰來決出高下，超夢自己則同夢幻展開了對決。小智犧牲自己平息了争鬥，随後被複活。看到小智為了阻止原生體與複制體的戰争被石化，最終被交戰雙方流下眼淚的模樣打動，超夢意識到了不管原生體還是複制體都是實實在在的生命。于是親自斬斷憎恨，将小智等人的記憶抹消後，帶領着複制體同伴展開了尋找生息地的旅行。
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