1、消化系統疾病及功能紊亂，如腹脹、腹瀉或便秘等情況。
2、内分泌變化。有些女性每逢經期或行經前後就會出現口腔潰瘍，用藥治療隻能暫時緩解，下個月行經時依然如故地出現，疼痛難忍。與此同時，還常伴有口幹、心煩、易怒和大便幹結等令人煩惱的症狀。這可能是與月經前的孕酮水平增高，雌激素的水平降低有關。有研究顯示，對月經前發生複發性口腔潰瘍的病人給予雌激素治療，可以收到良好的效果。而妊娠期的女性，雌激素水平又會升高，所以經常發作口腔潰瘍的患者，在懷孕期間往往症狀會得到明顯的改善。
3、精神因素。有的患者在精神緊張、情緒波動、睡眠狀況不佳的情況下才會發病，這可能與植物神經功能失調有關。
4、是遺傳因素。如果父母雙方都患有複發性口腔潰瘍時，其子女約有80％—90％的概率患有此病；若雙親之一患此病時，其子女約有50％—60％患病概率。
5、其他一些因素，包括缺乏微量元素鋅、鐵、葉酸、維生素B12等，可能會降低免疫功能，從而增加複發性口腔潰瘍發病的可能性。
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