1、數學。數學一直是複旦大學的王牌專業，數學與應用數學在全國具有領先地位，蘇步青、谷超豪等著名數學家都出自複旦數學系，全國來說，複旦數學僅次于北京大學。數學是複旦最火的專業之一，每年轉專業競争最激烈的就是轉進數學系，大多數人都甯願為了轉專業多讀一年本科。
2、新聞傳播學。複旦新聞是複旦大學的另外一張王牌，曆史悠久，創建于1929年。在南方，如果說經管方面的對手是上海交大，那麼新聞方面，複旦是沒有對手的，在上海新聞界人脈處于壟斷地位。複旦新聞側重于專業素質的培養，讓做财經新聞的人懂經濟，讓做廣電技術的人懂技術。與複旦新聞相比較，人民大學的新聞側重于理論，中國傳媒大學側重于廣電系統，另外中山大學、清華大學的新聞近些年發展也很迅猛。
3、臨床醫學。複旦大學的臨床醫學學科在國内屬于頂尖水平，前身為上海醫科大學臨床醫專業，在第四輪教育部學科評估中，評估結果是A，僅次于上海交通大學和浙江大學。臨床醫學學科中，内科學（心血管病、腎病、傳染病）、兒科學、神經病學、影像醫學與核醫學、外科學、眼科學、耳鼻咽喉科學、腫瘤學、婦産科學等9個學科都是國家重點學科。附屬醫院衆多，并且實力強勁，如中山醫院、華山醫院、複旦大學附屬婦産科醫院、複旦大學附屬兒科醫院、眼耳鼻喉科醫院。
4、經濟學。複旦大學經濟學科創辦1于1917年，1952年全國院系大調整中，由複旦大學、南京大學、金陵大學、聖約翰大學、安徽大學、震旦大學、上海學院、大夏大學、英士大學等9校經濟學系合并組成新經濟學系，從此複旦經濟學科步入全國頂尖行列。在複旦經濟學科的發展過程中，湧現了很多知名經濟學家，如蔣學模、張薰華、伍柏麟、姜波克、袁志剛、華民、張軍等，為我國經濟的發展做出了卓越的貢獻。
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