法律依據不同國有獨資企業遵循《全民所有制企業法》，國有獨資公司遵循《公司法》。
管理體系不同國有獨資企業由政府出資，隸屬于政府，實行政府任命或職工選舉并經政府審核同意的廠長(經理)負責制，注重隸屬關系;國有獨資公司是以“歸屬清晰、權責明确、保護嚴格、流轉順暢”的現代産權制度為指引，建立明确的以資産為紐帶的現代國有産權管理體系。
治理結構不同國有重點大型企業監事會由國務院派出，對國務院負責，代表國家對國有重點大型企業的國有資産保值增值狀況實施監督。
(管理者角色不同國有獨資企業的廠長(經理)是上級任命的，是企業法定代表人，在企業生産經營中處于中心地位。國有獨資公司總經理是由董事會聘任，對董事會負責，根據董事會的決策，對企業的日常經營管理工作負全面的責任，董事會與總經理之間是一種聘用關系。法律依據：《中華人民共和國公司法》第六十五條 國有獨資公司的設立和組織機構，适用本節規定；本節沒有規定的，适用本章第一節、第二節的規定。本法所稱國有獨資公司，是指國家單獨出資、由國務院或者地方人民政府授權本級人民政府國有資産監督管理機構履行出資人職責的有限責任公司。
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