申請人填寫《綠色食品标志使用申請書》，一式兩份(含附報材料)，報所在省(自治區、直轄市、計劃單列市)綠色食品管理部門。省綠色食品管理部門委托通過省級以上計量認證的環境保護監測機構，對該項産品或産品原料的産地進行環境評價。
省綠色食品管理部門對申請材料進行初審，并将初審合格的材料報中國綠色食品發展中心。中國綠色食品發展中心會同權威的環境保護機構，對上述材料進行審核。合格的，由中國綠色食品發展中心指定的食品監測機構對其申報産品進行抽樣，并依據綠色食品質量和衛生标準進行檢測，對不合格的，當年不再受理其申請。
中國綠色食品發展中心對質量和衛生檢測合格的産品進行綜合審查(含實地核查)，并與符合條件的申請人簽訂“綠色食品标志使用協議”：由農業部頒發綠色食品标志使用證書及編号，報國家工商行政管理局商标局備案，同時公告于衆。
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