1、功效和作用不同。花椒：花椒屬于芸香目芸香科下的花椒屬植物，其果實呈圓形，綠豆大小，全株可做入藥，可食用。胡椒：胡椒屬胡椒目，胡椒科、胡椒屬木質攀援藤本，果實為圓形的漿果，可食部僅僅為漿果。
2、外形不同。花椒：花椒雖說全株可食用，但是常用的是其果實的外皮，生時為青色，一柄多籽，成熟後為紅色，籽黑色。 胡椒：胡椒的食用部僅僅是其漿果，可食部為期漿果的種子，生時為青色，成熟後取其籽為乳白色。
3、成分不同 花椒：花椒的主要調味成分是其含有的揮發性的烯類物質，包括檸檬烯、香桧烯、月桂烯、紫蘇烯等。胡椒：胡椒的主要增香調味成分是其含有的植物堿和胺類成分，包括胡椒堿，胡椒酰胺，次胡椒酰胺，胡椒亭堿，胡椒油堿B，幾内亞胡椒酰胺，假荜茇酰胺A等。
4、用途不同。花椒：花椒在調味品上合适任何食物，尤其是肉類和蔬菜類适量釋放，香味濃郁，而在很多中藥和偏方中也很常用，有溫中散寒、開胃健脾、除濕止痛、驅蟲殺菌、利尿消腫、止瀉、治風濕等功效。胡椒：胡椒主要用在湯食的調味上，常見的雞湯熟最佳搭配，而藥用價值都體現在溫熱性上，具有溫中散寒，增進食欲，治療消化不良、寒痰、腸炎、支氣管炎、感冒、風濕病等功效。
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