1、蛋白質在高爾基體中加工修飾的特點如下：N-連接的糖鍊合成起始于内質網，完成于高爾基體。在内質網形成的糖蛋白具有相似的糖鍊，由Cis面進入高爾基體後，在各膜囊之間的轉運過程中，發生了一系列有序的加工和修飾，原來糖鍊中的大部分甘露糖被切除，但又被多種糖基轉移酶依次加上了不同類型的糖分子，形成了結構各異的寡糖鍊。糖蛋白的空間結構決定了它可以和哪一種糖基轉移酶結合，發生特定的糖基化修飾。
2、許多糖蛋白同時具有N-連接的糖鍊和O-連接的糖鍊。O-連接的糖基化隻在高爾基體中進行，通常的一個連接上去的糖單元是N-乙酰半乳糖，連接的部位為Ser、Thr和Hyp的OH基團，然後逐次将糖基轉移到上去形成寡糖鍊，糖的供體同樣為核苷糖，如UDP-半乳糖。糖基化的結果使不同的蛋白質打上不同的标記，改變多肽的構象和增加蛋白質的穩定性。
3、在高爾基體上還可以将一至多個氨基聚糖鍊通過木糖安裝在核心蛋白的絲氨酸殘基上，形成蛋白聚糖。這類蛋白有些被分泌到細胞外形成細胞外基質或粘液層，有些錨定在膜上。
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