酸奶的飲用因人而異，但有以下一些規則可參考：
盡量在飯後一定時間内飲用，不宜空腹飲用，特别是清晨時空腹飲用。因為在空腹狀态下飲用酸奶，很容易刺激胃腸道排空，酸奶中的營養來不及徹底消化吸收就被排出，飯後飲用則可緩沖這一刺激作用。含活性雙歧杆菌及嗜酸乳杆菌的酸奶盡量不要與抗生素類藥物同時飲用，一般應間隔4-6小時。因為抗生素可殺滅酸奶中的活性菌而起不到促進健康的作用。
酸奶不宜在空腹時飲用還有一個原因：适宜乳酸菌生長的酸堿度為PH5、4以上，空腹時胃酸分泌較多，酸性較強的胃液很容易殺死乳酸菌，使保健作用減弱。所以，飲用酸奶的最佳時間是在飯後30分鐘到2個小時之間。 酸奶飲用的最佳溫度是10-12°C，在這種溫度下，酸奶的口味較好。夏季酸奶的飲用溫度可适當降低。
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