1、研究論文，主要是收集數據，通過一定的方法進行假設的檢驗，展示結果，讨論。這也是研究論文最常見的格式。研究論文最核心的内容，就是原創性和新的知識。
2、方法和技術論文，這種論文一般介紹新的軟件或者新的方法、新的工作流程或數據标準，如Darwin Core數據交換标準，植物标本圖像采集的流程和具體要求等。
3、數據論文，一般介紹數據以及數據采集和生成的過程，或者标準化的過程，并提供初步的統計圖表等。
4、綜述論文，綜述是對某一個領域的研究現狀進行總結、評述和展望的論文。綜述性論文，為了詳細介紹研究進展等，往往從學科的曆史、現狀、問題、展望等多方面進行論述，因此參考文獻也較一般的研究論文多得多。
5、觀點述評論文，一般是學者對某一研究進展，或者現象表達個人觀點的論文，在一定程度上接近綜述，但由于篇幅所限，很難展示某一領域的全貌。觀點述評一類的論文，要用數據支撐自己的觀點，做到有理有據。
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