1、在醫學上主要的應用途徑是作為治療關節疾病的藥品，與氨基葡萄糖配合使用，具有止痛，促進軟骨再生的功效，可以從根本改善關節問題。
2、硫酸軟骨素對角膜膠原纖維具有保護作用，能促進基質中纖維的增長，增強通透性，改善血液循環，加速新陳代謝，促進滲透液的吸收及炎症的消除；其聚陰離子具有強的保水性，能改善眼角膜組織的水分代謝，對角膜有較強的親和力，能在角膜表面形成一層透氣保水膜，改善眼部幹燥症狀。通過促進基質的生成，為細胞的遷移提供構架，有利于角膜上皮細胞的遷移，從而促進角膜創傷的愈合，滲出液的吸收及炎症的消除。
3、通過高科技深加工，可以治療神經性頭疼、三叉神經痛、冠心病、心絞痛、心肌缺氧、心腦血管疾病、關節痛、動脈粥樣硬化及肝炎等症，其中CS還具有抗凝和抗血栓形成的作用，也可用于因鍊黴素引起的聽覺障礙和肝髒功能受損的輔助治療以及高血脂的輔助治療。
4、可以作為保健品、食品中的添加劑，具有增強人體體質及抗病菌、美容、抗衰老等作用。改善聽力和肌膚幹燥。在體内可抑制小腸對脂質和葡萄糖的吸收以達到減肥作用。
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