《黑衣人2》是在第一部的四年之後，邪惡的外星魔女來到地球尋找統治宇宙萬物的關鍵外星人，但是隻有K才知道關鍵外星人的藏匿處，J必須讓K趕緊恢複記憶，繼而兩人一起阻止邪惡的外星魔女進行統治地球的故事

男主角J是個正式黑衣人，總部在他的老搭檔K退休後，給他安排了新搭檔

一天新搭檔遇到了一隻不聽話外星小蟲子，就揪住它教訓了一頓

結果沒想到剛才他揪的其實是大蟲子的一根頭發，大蟲子被激怒後開始瘋狂破壞，把地鐵都吃掉了一半

最後還是J掏出武器才讓它冷靜了下來

事後J清除了所有乘客的記憶，順便把新搭檔開除了

于此同時，外星的邪惡女王偷渡到了地球上，為尋找一個叫薩塔之星的神秘東西開始濫殺無辜

J在調查這些案件的時候，認識了險些被害的短發妹，對她有了好感

與此同時J的上司知道薩塔之星事關重大，就召回了已經退休的K

不過K退休之前清除了自己的記憶，對看到的一切充滿好奇，忍不住用手觸摸，差點毀滅了一個迷你星球

就在J正準備恢複K的記憶的時候，邪惡女王突然來到總部，一言不合解開了衣服

旁邊的雙頭外星人看到後，興奮地昏了過去，被迫自己給自己做人工呼吸

工作人員們都一臉震驚地過來圍觀，邪惡女王趁機伸出無數藤蔓，俘虜了所有工作人員

隻有J和K順着逃生通道溜了出去

後來J找到一個朋友給K恢複了記憶，但記憶恢複的不是很成功，K隻隐約記得一點跟薩塔之星有關的東西

他們接連拜訪了住在更衣箱裡的小外星人

還有身體細長的蠕蟲外星人

終于知道原來所謂的薩塔之星就是短發妹

她是薩塔星人的公主，母親死前把她交給了K，邪惡女王和薩塔星人有仇所以一直追殺她。

J從蠕蟲的嘴裡得知，邪惡女王把短發妹劫持到了黑衣人總部，想把她發射回自己的母星

J和K急忙又殺回總部，進門時他們觸發了總部的防禦機制

但兩人早有心理準備，跳到天花闆上躲過了攻擊

邪惡女王的手下看到後，開着飛碟輪番發起了攻擊，但J沒怎麼費力就消滅了他們

另一方面，邪惡女王又生出藤蔓，俘虜了K

好在J及時趕到，開槍轟碎了邪惡女王

接着K和J帶上短發妹開車逃跑，但邪惡女王竟然沒有死掉，也開車跟了上來

一路飙車後，J做了假動作，讓邪惡女王沖進了片頭大蟲子的嘴裡

這隻蟲子專吃鋼鐵，把邪惡女王的車咬成了碎片

接着K把短發妹帶到了一艘飛船旁邊，請她回到了薩塔星去

因為那裡正面臨危險，而她是薩塔星的希望，短發妹依依不舍地飛走了

就在這時，邪惡女王又從大蟲子的身體裡破繭而出，變成了自己的完全形态，飛到天上去追殺短發妹

J和K見狀，開火殺死了邪惡女王，讓她化成了一片煙花。

回到日常工作之後，J因為失去了短發妹所以總提不起勁，K為了讓他開心，把小外星人們放到了J的更衣箱裡

J說這些小外星人看起來非常可憐，K聽後踢開了一扇大門

外面的情景讓人大吃一驚，原來地球也隻是一個小小的更衣箱而已，影片到這結束！

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