1、首先，精種的分離是整個工作的第一個關鍵步驟， 分離培養基的确定，分離培養條件的選擇，如培養溫度、濕度、好氧或厭機培養等，在分離的最初階段一般不給予嚴密的培養條件，盡可能分離到盡可能多的純菌種。
2、在這種情況下，在菌種的分離階段可以選用廣泛的分離培養基，各種分離培養基中還應針對性地加人目的酶産生菌的作用底物。分離對象可包括細菌、真菌、酵母菌及放線菌等。
3、分離條件也應做到多樣化，比如吸取的土樣稀釋液量的控制、不同的培養溫度選擇等。分離到的單菌落應立即轉移到分離成分一緻的新鮮斜面上，等獲得純培養之後就可着手進行初篩。
4、菌種的初篩有兩種方法，用簡單的定性反應進行初篩，在最初分離階段就給予特殊的培養基或培養條件，進而讓目的菌株得以繁殖，盡可能地把隻成為目的菌的菌株或隻将其最适菌株的一株純化分離。總之，初篩的目的就是要用最簡單和最快捷的方法來對大量的待篩菌進行測試。
5、目的酶産生菌高産突變體的獲得，高産突變菌種有着十分重要的意義。首先，高産突變株常常能夠比親株産生高出很多倍數量的酶。在另外一些情況下，突變株能夠産生比較少的不需要的酶或其他代謝産物，因而有利于酶的回收和提純。
6、最後，獲得高産突變株的方法，采用物理和化學因子來處理微生物，并使其發生變異。常用的化學誘變劑有氮介子氣、亞硝酸、硫酸二乙酯、環氧乙燒、乙烯亞胺等。物理因子有: 紫外線、X射線、7 射線等。另外，還有其他的一些方法。
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