1、濕度檢查。冬天，水分在11%以下，每隔一個星期左右要檢查一次，濕度檢查要在倉内不同方位、不同層次定時定點的進行。
2、通風。要根據倉庫室内外的溫度來定，如果室外溫度低于倉内時，這時候是通風最佳時機，這時候通風可以降溫又可以排濕，當倉外溫度和倉内溫度相同，或倉外溫度低于倉内時，也可以通風，前者以散濕為主，後者以降溫為主。
3、定期檢測棉花種子質量。要定期檢測棉花種子，檢測包括棉花種子發芽率試驗、水分測定、遊離脂肪酸測定，如發現問題應及時解決。
4、防火。棉花種子要防火，因為棉花種子遇到火種很容易引起燃燒，所以在種子倉庫周圍不要堆放易燃品。
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