消化系統疾病及功能紊亂 患系統性疾病的患者易發生口腔潰瘍，主要是通過影響免疫系統而緻病。口腔潰瘍與胃潰瘍、十二指腸潰瘍、潰瘍性結腸炎、局限性腸炎、肝炎等有關。研究表明：30%-48%的口腔潰瘍患者有消化道疾病，如腹脹、腹瀉或便秘等情況。其中9%以上有消化道潰瘍。
内分泌變化 有些女性患者往往在月經期發生，可能與體内雌激素量下降有關。有些女性每逢經期或行經前後就會出現口腔潰瘍，用藥治療隻能暫時緩解，下月行經時依然如故地出現，疼痛難忍，與此同時，還常伴有口幹、心煩、易怒和大便幹結等令人煩惱的症狀。臨床研究發現，月經期出現口腔潰瘍主要是由于體内黃體酮水平增高而雌激素(孕酮等)的水平降低所緻。
精神因素 有的患者在精神緊張、情緒波動、睡眠狀況不佳的情況下發病，可能與植物神經功能失調有關。
遺傳因素 如父母雙方均患有複發性口腔潰瘍時，其子女約有80—90%患病，若雙親之一患此病時，其子女約有50—60%患病。
其他因素 如缺乏微量元素鋅、鐵、葉酸、維生素B12、營養不良等，可降低免疫功能，增加複發性口腔潰瘍發病的可能性。病毒可能是口腔潰瘍的始動因子，但目前尚未在患者血清中查出相關抗體，亦未見從口腔潰瘍病損組織中分離出病毒的報道。細菌對口腔潰瘍的作用已提出了多年，與口腔潰瘍關系密切的細菌有血鍊球菌及幽門螺杆菌。體内超氧自由基的生成和清除率不平衡、血栓素B2 和6酮前列腺素比例失調及總體水平下降可引發口腔潰瘍。微循環障礙緻血流速度慢，血液流量低，毛細血管靜脈端管徑擴張，造成局部缺血、缺氧從而引起黏膜膜損傷，潰瘍形成。血清中缺鋅、缺鐵、高銅等與RAU的發生有一定相關性。有報道稱戒煙亦可誘發口腔潰瘍。牙膏中的成分12-烷硫酸鈉(SLS)可能刺激黏膜，誘發口腔潰瘍。
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