《黃帝内經》共分《素問》、《靈樞》兩部分，每部分各為81篇，共162篇。
《素問》主要論述自然界變化的規律、五運六氣、人與自然的關系、人體的生理、病理、病因、診斷、治則、藥物、病證、治法、養生等。
《靈樞》主要論述自然事物變化的規律、人與自然、人體生理、病因病機、攝生、診斷、治療及醫德等。《靈樞》的核心是髒腑經絡學說。在理論上，《黃帝内經》為傳統醫學建立以下學說，即陰陽五行說、脈象學說、髒象學說、經絡學說、病因學說、病機學說、病症、診法、論治及養生學、運氣學等，并建立了四診參合的診法原則。 《黃帝内經》另一個重要内容是建立了研究五運六氣的運氣學說。它是以五引、六氣、三陰三陽為其理論基礎，并配合天幹、地支，來測知氣候變 化的規律和疾病的流行發展。這是把人體的生理變化與自然界氣候變化相統一的天人相應學術理論。
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