南懷仁是繼利瑪窦，湯若望之後大清最有影響力的傳教士。他和前兩位一樣，熟知天文曆法，堪輿地理，幾何數學，還擅長機械制造，尤其是鑄造威力巨大的紅衣大炮。更令人稱贊的是，南懷仁跟他倆一樣具有良好的操守道德。

利瑪窦憑借着對中國儒家思想的深刻理解，因地制宜地将天主教融入到中國傳統文化中，利瑪窦和天主教成功紮根于中國，給後來的傳教士掙得了開門紅。湯若望憑着多爾衮，孝莊，順治的信任，應有自己的博學多才和西方先進的科技征服了大清皇室。雖然，在“曆法之争”中，蒙受災難，康熙親政後給予了恢複名譽，對他有很高的評價。

南懷仁作為後來者，先是協助湯若望在欽天監曆算工作。“曆法之争”中，和湯若望一起被牽連入獄，南懷仁表現出了西方人少有的義氣和高尚情操，他不離不棄，為恩師湯若望據理力争。湯若望恢複了名譽後，南懷仁還積極為欽天監同僚的自由和待遇奔走。在康熙的支持下，南懷仁重掌欽天監。

南懷仁的貢獻一點也不遜色于利瑪窦和湯若望，他有哪些貢獻呢？他和湯若望應用西方先進的曆法改造了明朝曆法，編制成我們現在所用的農曆曆法。南懷仁把湯若望留下的火炮制造等技術進一步精益求精，發揚光大。制造出了大約600門威力巨大的大炮，他還提高了炮的精度和距離，為大清一統中國做出了貢獻。南懷仁制造的火炮，至今猶存，可見質量之好，屬于當時最先進水平。南懷仁編纂了《堪輿圖說》，這本書比利瑪窦的《堪輿萬國全圖》更為精細和全面。極大地開拓了中國人的視野。

如果說湯若望是康熙的啟蒙老師，那麼南懷仁就是康熙第一位正式的科技外教老師。南懷仁除了給康熙講數學知識外，還包括天文，地理，樂理，哲學等西方各種先進的科技知識。南懷仁年老之後，還推薦法國張誠，白晉，葡萄牙徐日升等人最為康熙的老師，讓康熙接觸到了更多的西方先進技術和思想。使康熙成為學貫中西的有作為的君王。

值得一提是，南懷仁在中俄外交方面也産生了積極的影響。沙俄使者雖然精通希臘文、拉丁文、法文、德文等多種歐洲語言，卻對東方語言一竅不通。精通多種歐洲語言，滿語漢語都非常娴熟的南懷仁一度成為中俄溝通的橋梁，在此期間，南懷仁做了大量的翻譯工作。

南懷仁畢竟是一個耶稣教徒，為了教會的利益，他希望建設從俄羅斯到中國的交通信息，因此把自己掌握的清廷外交活動告訴了俄國使臣，以便俄國更好的了解中國。從後來的尼布楚條約的結果來看，南懷仁并沒有洩密。

中俄關系緊張時，南懷仁已經重病在身，無法為中俄談判效勞。但是，他對會議背景有着清楚的認識，俄國在歐洲四處征戰，向出海口突圍，所有重兵主力全在歐洲，不可能大規模對東方用兵，因此隻能在東方追求貿易利益。他認為大清西有噶爾丹牽制，不希望在東方用兵，導緻兩頭開戰，也不需要貿易，隻需與俄國勢力隔絕，維持邊境穩定即可，其重點是蒙古高原和黑龍江流域。他認為中俄兩國謀求和平是共同目的，南懷仁去世後，他的同僚加弟子，徐日升和張誠把這種觀點繼承了下來。

徐日升和張誠在随索額圖進行尼布楚談判時，成功簽署了中俄《尼布楚條約》，也忠實地履行了南懷仁的思想。這個條約簽訂後，東北邊疆保持了160年的和平，康熙也兌現了承諾，準許天主教在大清自由傳教。彼得大帝認為，徐日升和張誠代表的耶稣會在談判中偏袒中國，并将耶稣會驅逐出境。

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