1、來源不同
土豆澱粉是将清洗幹淨的土豆粉粹、過濾、沉澱，把得來的沉澱物烘幹即可獲得；玉米澱粉是将玉米用0.3%亞硫酸浸漬後，通過破碎、過篩、沉澱、幹燥、磨細等工序而制成。
2、作用不同
（1）土豆澱粉可以用來制作醬料，其透明度高，制作出來的醬料色澤通透，還可以用于烹饪時的勾芡，由于糊化的溫度比較低，能夠降低高溫引起的營養與風味的缺失，用于勾芡能最大限度的保證食材的原汁原味。
（2）玉米澱粉适合肉類的上漿，上漿後食材效果柔、滑、嫩，可使食材除去異味而且還有增香的作用，适用于質地細嫩或是選擇細嫩部位的雞鴨魚蝦為原料制作的菜肴，也可以用于勾芡。
3、特點不同
土豆澱粉具有土豆的味道，其吸水能力較強，黏性足，顔色較潔白，透明度好；玉米澱粉形狀為白色微帶淡黃色的粉末，吸濕性強。
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