使用兩類發票的納稅人不同。納稅人根據規模可以分為一般納稅人和小規模納稅人，增值稅專用發票隻能由增值稅一般納稅人領購使用，而小規模納稅人若是需要使用增值稅專用發票則隻能通過稅務機關代開使用。
增值稅專用發票的作用更大。普通發票可以作為商事發生的憑證，而增值稅專用發票還可以用作扣稅憑證，能夠抵消進項稅款。
票面内容增值稅專用發票更齊全。增值稅專用發票包括供銷雙方的納稅人稅務登記号、不含增值稅金額、适用稅率、應納增值稅額等内容，常見的普通發票則不具備上述内容。
增值稅專用發票聯次更多。普通發票一般有存根聯，發票聯，記賬聯。而增值稅專用發票一般有存根聯，發票聯，抵扣聯，記賬聯。
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